L'ambiance de Nephilim est basée, tout comme la plupart des jeux de rôle prenant place dans un contexte contemporain, sur une reprise de l'histoire connue. Toutefois, celui-ci présente une cohérence et une précision inhabituelles : tout est fait pour que chaque événement historique, quels que soient son ancienneté et son cadre, puisse être repris de manière extrêmement concrète sous l'angle de vue du jeu. De fait, les différents guides, et notamment ceux adressés au MJ, se révèlent très denses, allant jusqu'à rendre certains passages laborieux à comprendre.

Le concept du jeu est donc résolument axé sur le passé. Une certaine connaissance des époques abordées est indispensable, d'autant plus que ces dernières dévoilent, dans le cadre du jeu, un aspect inconnu de l'humanité. Par exemple, le procès des Templiers est abordé de manière différente de celle que nous connaissons, même si le fond des événements reste le même (l'implication de Philippe le Bel a bien eu lieu, mais est justifiée de manière complexe). Cette version divergente de l'histoire est nommée Histoire Invisible.

Le système de jeu en lui-même n'intervient que peu dans le déroulement d'une partie. Celui-ci est basé sur un Basic Roleplaying modifié, impliquant une difficulté variable, partiellement laissée à l'arbitrage du MJ.

Le second grand thème abordé par Nephilim est celui de l'ésotérisme et de l'occulte. Le background du jeu est résolument bâti autour de solides connaissances du mysticisme actuel et passé (par exemple, le tarot de Marseille ou la Kabbale hébraïque). En conséquence, le jeu aborde aussi l'ensemble des sociétés secrètes (telle la Franc-maçonnerie), des sectes (comme la Rose-Croix), réelles ou fictives d'ailleurs, se réclamant garantes de ce savoir, ce qui pourrait poser un certain problème de déontologie.

De façon générale, le jeu est orienté sur la découverte des méandres de l'Histoire Invisible, et sur la recherche de faits toujours plus complexes pour expliquer, sous l'angle du jeu, des situations que seul le MJ est en mesure d'expliquer (et encore... pas toujours !)

Magie et poésie.

Chaque personnage peut maîtriser une ou plusieurs formes de magie, en plus de toute autre profession qui est la sienne. Il existe plusieurs sortes de magie, ici ne seront citées que celles accessibles aux PJs à la création :

Les Arts magiques : accessibles aux seuls Inspirés, étant les seuls à connaitre leur existence, ils désignent la magie héritée des Muses. Elle utilise les arts du Décorum (la peinture), de la Cyse (la sculpture), de l'Accord (la musique) et de la Geste (la poésie) pour produire des Œuvres (sortilèges). Leur pratique permet d'entretenir le souvenir des Muses, entre autres choses. Les pratiquant des Arts magiques se nomment les harmonistes.

L'Emprise : enseignée par l'organisation fortement hiérarchisée du Cryptogramme-magicien, elle repose sur un lien empathique et/ou de contrôle noué entre un individu et un Danseur. Les Danseurs sont des créatures humanoïdes et asexuées, immortelles et composées de pure magie (l’Éclat). Ce sont d'elles que le sort est lancé grâce aux étincelles produites au cours de leur danse. Le Cryptogramme-magicien est scindé en trois obédiences particulières : Jornisme, Eclipsisme et Obscurantisme, qui se différencient notamment par leur façon de concevoir la relation entre le Mage et cette créature porteuse de magie.

La Conjuration : certains mortels de l'Harmonde ont découvert le moyen d'obtenir l'aide de démons provenant des Abysses, profondeurs obscures de l'Harmonde, pour les tâches les plus diverses. On les appelle les conjurateurs.
Pour invoquer leurs démons, les conjurateurs utilisent des encres particulières appelées simplement encre de conjuration. Il en existe de cinq couleurs principales (transparente, bleue, jaune, rouge et noire), chacune associée à un type de démon différent.
Une fois le démons invoquer, les 2 parties signent une connivence (sorte de contrat ou de pacte) que chacun devra respecter sous peine d'avoir affaire à un advocatus diabloli (sorte de "notaire")